继《灰色的果实》、《灰色的迷宫》及《灰色的乐园》之后，系列新作《灰色的轨迹》揭开序幕。在一所名为“美滨学园”的特殊技能训练学校里，少女们被赋予了武器与实弹，她们在这里不断地进行着危险的任务。 这所学校是由名为CIRS（Country Integrated Rescue System）的国家组织设立的。在这所特殊的学校中，失去归宿的少女们成为SORD（Special Operations Response Division）成员，使用手枪、狙击步枪、炸弹和信息处理等技能，处理那些警察及自卫队无法解决的事件。 学校的学员各有所长：玲奈擅长使用手枪；桐花是出色的狙击手；克莉丝负责炸弹与信息处理工作；而忍者邑沙季则负责谍报活动。每天，她们以SORD成员的身份，应对各种紧急任务，在危险中磨炼自己的技能。 在K县U港的一次关键任务中，一位准备入国的重要人士突然失踪了。SORD成员们开始调查此事，但每当他们即将接近真相时，“行李”总会神秘地消失。就在这个时候，她们遇到了来自姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹，并肩作战的同时也产生了不少争执。 与此同时，在夜晚的城镇中，一位名为真纪的女骑手以"Soul Speed"的身份出现，她的存在如同一道谜题一般，不断刺激着少女们的好奇心。在追寻真相的过程中，一次又一次的追逐与战斗将她们的心灵撕裂，但这也成为了她们回忆起过去、寻找命运交点的关键。 这段旅程不仅是一场关于勇气和智慧的较量，更是玲奈她们相遇之前的那段过去，一段充满谜团与未知的旅程……